En tant que légumineuse à graines, la lentille s'intègre parfaitement dans les rotations de cultures biologiques. Le succès de la culture dépend fortement de la technique culturale appropriée (gestion des adventices), de la pression des adventices sur la parcelle et du climat. Les conditions météorologiques influencent non seulement l’enherbement mais aussi le rendement ; si la sécheresse se produit au moment de la floraison elle empêche la formation des gousses, l’excès d'humidité et le froid favorisent les maladies et entravent la croissance. Lorsqu’elles émergent du sol, les lentilles sont de petites plantes fines, mais avec une culture tuteur, elles peuvent former un « tapis végétal » dense qui tient les mauvaises herbes à distance. Les lentilles biologiques sont donc de préférence cultivées en culture associée. Les champs présentant une forte pression d’adventices d'été doivent être évités pour la culture des lentilles.

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Le potentiel de culture des pois chiches, qui sont tolérants à la sécheresse, augmente en Suisse en raison des conditions climatiques plus chaudes. Néanmoins, le temps instable constitue un défi majeur, surtout lorsque la plante est en train de mûrir. Des variétés adaptées au climat suisse sont recherchées. Les sols légers qui se réchauffent rapidement conviennent bien aux pois chiches. Les sols sablo-limoneux riches en calcaire sont ceux qui se prêtent le mieux à la culture. Des parcelles propres augmentent les chances de cultiver des pois chiches peu compétitifs, tout en assurant une bonne gestion des mauvaises herbes en raison de leur croissance tardive. Ceux qui bénéficient d’un espacement étroit entre les rangs pour biner ont un avantage.

Les haricots nains, qui peuvent être battus comme des graines sèches, sont un peu plus compétitifs que les autres légumineuses à graines grâce à leur masse foliaire plus importante et sont également plus tolérants aux fluctuations climatiques que, par exemple, les pois chiches. Néanmoins, une bonne gestion des adventices est importante outre le sarclage en raison du développement juvénile lent des haricots, ainsi que pour le contrôle des mauvaises herbes tardives, qui gênent la récolte. Un lit de semence plat est important pour la récolte parce que les gousses pendent bas. Il existe une large éventail de variétés, mais l'approvisionnement des semences peut s'avérer difficile.

La culture des pois protéagineux est très répandue en Suisse à des fins fourragères ; le plus souvent les pois sont cultivés en association avec de l'orge. Il reste à déterminer quelles variétés sont adaptées à la culture et à la consommation sous forme de pois secs. Les défis de la culture biologique du pois sont surtout la gestion des adventices et les pucerons. Les sols pierreux et peu profonds, sujets à la sécheresse, ne conviennent pas à la culture des pois. La plante compagne de la culture associée a ici, comme pour les lentilles, la fonction de supprimer les mauvaises herbes et de servir de culture en tant que tuteur. Afin de produire une récolte de pois propre, la culture associée doit être facile à séparer. C’est pourquoi la caméline est privilégiée.